L a Secretaría General es el organismo responsable de registrar, archivar y dar fe pública de los actos de la Universidad Pegagógica Nacional Francisco Morazán: depende directamente de la Rectoría.

La Secretaría General estará a cargo de un Secretarío General cuya elección recaerá en un profesional que reúna los mismos requisitos establecidos para ser Rector, a excepción del grado académico mínimo que será de Licenciatura debidamente reconocida. Durará en su cargo tres años y podrá ser reelecto una sola vez.

L a Secretaría General cuenta  con las siguientes unidades:

· Departamento de Registro

· Departamento de Archivo General