RECTORÍA
- La Rectoría es el órgano de gobierno de la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán a través del cual se ejecutan las resoluciones del Consejo Superior Universitario y Consejo Directivo y se emiten disposiciones para el mejor funcionamiento de la institución.
- Para su funcionamiento, la Rectoría contará con un rector y cuatro Vice Rectorías. La Vice Rectoría Académica La Vice Rectoría Administrativa, la Vice Rectoría de Investigación y Post-grado y la Vice Rectoría del Centro Universitario de Educación a Distancia así como la Dirección Especial de Centro Regional y una Secretaría General
- El Rector es la máxima autoridad ejecutiva de la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán y su representante legal.

ATRIBUCIONES DEL RECTOR
a. Ejercer la representación legal y académica de la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán y ser el órgano de enlace con el Consejo de Educación Superior, con la Secretaria de Estado en el despacho de Educación y con otros organismos públicos y privados, nacionales e internacionales;
b. Convocar y presidir las sesiones del Consejo Superior Universitario y del Consejo Directivo y ejecutar sus resoluciones. El Rector hará las convocatorias a través de la Secretaria General;
c. Nombrar el personal Administrativo y Docente de la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán;
d. Conferir, en nombre del Consejo Superior Universitario, títulos y distinciones emitidas por la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán;
e. Someter ante el Consejo Directivo el presupuesto general de la Universidad, para su posterior aprobación por el Consejo Superior Universitario;
f. Supervisar periódicamente cada una de las dependencias de la Universidad para informar al Consejo Directivo sobre sus actividades;
g. Aplicar las medidas disciplinarias que le competen conforme a lo establecido en el Reglamento de Carrera Docente y el Reglamento de Régimen Académico
h. Conceder licencias así:
1. Conforme a lo estipulado en las leyes laborales que regulan el que hacer del Personal Administrativo y Docente de la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán y la ley del Seguro Social;
2. Con goce de sueldo y sin goce de sueldo de acuerdo a un reglamento especial
i. Otorgar feriado que no estén consignados en el Calendario de actividades académicas de la Institución, aprobado por el Consejo Superior Universitario.
j. Proponer ante el Consejo Superior Universitario, para su elección los candidatos a Directores a cada una de la Unidades de Apoyo y de Asesoría.
k. Aprobar mediante acuerdo, el otorgamiento y cancelación de becas a estudiantes, conforme lo dispuesto en los Reglamentos de Becas;
l. Firmar los títulos y certificados junto con el Secretario General de la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán;
m. Presentar al Consejo Directivo, para que emita dictamen, los proyectos de políticas y estrategias así como los planes operativos integrados por la Dirección de Planificación y elevarlos ante el Consejo Superior Universitario, para su aprobación;
n. Proponer al Consejo Directivo la creación o modificación de unidades de carácter académico o administrativo, previo dictamen de la Vice Rectoría respectiva, sobre el impacto académico y presupuestario de las mismas;
o. Proponer la supresión de unidades académicas o administrativas, previa justificación presentada por las Vice Rectorías respectivas;
p. Contratar con base a las disposiciones legales de contratación del Estado y dentro de los limites que establezca el Consejo Superior Universitario, la adquisición de bienes y servicios requeridos por la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán;
q. Solicitar informes económicos de la ejecución presupuestaria previo a la toma de decisión sobre adquisición de bienes y servicios;
r. Coordinar el trabajo de las unidades de asesoría y apoyo de la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán;
s. Cumplir y hacer cumplir este Reglamento, Reglamentos especiales, Acuerdos y Disposiciones del Consejo Superior Universitario y Consejo Directivo;
t. Representar a la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán ante el Consejo de Educación Superior.
u. Convocar al Consejo Superior Universitario para elegir a los Vice Rectores y Secretario General en caso de ausencia definitiva de estos. La elección deberá hacerse de los 15 (quince) días siguientes a la fecha en la que se produjo la vacante;
v. Contratar servicios de asesoria jurídica externa cuando así se requiera